Khu vực nhiều núi non ở phía Bắc Kyoto từ lâu đã gắn liền với việc tu hành. Đền chùa được xây dựng ở đây từ thế kỷ thứ 8, nhưng bị bỏ hoang vào khoảng thế kỷ 12. Sau đó, Thiên Hoàng Gotoba ra lệnh cho một nhà sư có sức ảnh hưởng lớn là Myoe (1173–1232) xây dựng đền chùa, thế nên chùa được xây dựng lại một cách chính thức vào năm 1206. Tên chùa là Kosanji (Ngôi chùa trên ngọn núi cao), bắt nguồn từ một đoạn kinh trong bản kinh “Hoa Thai Tàng Kinh”- một bản kinh quan trọng của phái Phật giáo Kegon (Hoa Nghiêm). Cách đọc phổ biến của chùa là “Kozanji”, nhưng cách đọc chính thức là “ Kosanji”.

Chùa Kosanji được biết đến như một ngôi đền của học thuật nhờ sự cống hiến cho việc nghiên cứu Phật giáo và tu hành của nhà sư Myoe. Ông cũng là một người yêu mến nghệ thuật về tôn giáo nên đã thường xuyên mời các nghệ sĩ và những nhà trí thức lỗi lạc đến chùa. Môi trường nghệ thuật phong phú do ông gây dựng vẫn tồn tại sống động trong các kho tàng nghệ thuật được kế thừa từ thời đại Heian (794–1185) – thời kỳ phát triển mạnh mẽ của mỹ thuật và văn học cho đến thời đại Kamakura (1185–1333) – thời kỳ những tư tưởng Phật giáo mới được truyền bá đến Nhật Bản. Nhiều bức tranh, tượng điêu khắc, văn thư trong chùa đã thoát khỏi trận hỏa hoạn dữ dội vào thế kỷ 16, và hiện tại vẫn còn trong tình trạng tuyệt vời.

Myoe cũng nổi tiếng là người phổ biến trà ở Nhật Bản. Ông đã từng trồng trà ở gần chùa Kosanji, và hiện tại hàng năm ở chùa vẫn thu hoạch trà từ vườn trà nhỏ này. Các nhà sản xuất trà trên toàn quốc xem Myoe là người đã đóng vai trò quan trọng trong truyền thống uống trà của Nhật Bản và vẫn còn tôn vinh ông cho đến bây giờ.