創建は8世紀に遡ります。その後、一時期は廃寺となったものの、1206年に明恵上人が後鳥羽上皇の勅願により栂尾の地を賜り、華厳宗の復興道場として中興したのが高山寺のはじまりです。「高山寺」の名は、後鳥羽上皇より賜った勅額「日出先照高山之寺」に由来します。この文言は華厳経の一節であり、「高山の寺」は華厳の聖地を意味します。中興以来、明恵上人のひたむきな修学修行により、高山寺は学問の寺として発展を遂げていきます。16世紀に見舞われた大火災など幾重の難をのりこえ、現在に至るまで国宝・重要文化財あわせて1万2千点余の宝物を伝えます。

また高山寺は、茶の発祥地としても知られています。明恵上人が建仁寺の栄西禅師より宋から持ち帰った茶種を賜り、高山寺境内で栽培をはじめました。この茶を宇治の地へ移植したのが宇治茶の起こりです。現在も境内では茶園が営まれ、毎年11月8日には献茶式が開山堂にて執り行われます。

高山寺境内は1966年に国の史跡に指定され、1994年に世界文化遺産に登録されています。