高山寺的春日明神神社奉祀著春日大明神，該神祇是日本古都奈良春日大社中四神的總稱。神道教的神社立於佛教寺院境內，今日看來或許不可思議，不過這也反映出高山寺開山祖師明惠（1173-1232）的宗教觀。
明惠追隨當時原生神祗與佛教神祗一視同仁的思想，將華嚴宗與真言密宗教義相互融合。他甚為崇敬春日大社，時常前往參拜。據信他對春日大明神敬畏無比，甚至放棄長年以來巡拜印度的夢想，只因春日大明神如此勸告。
春日大社
創建於768年，位於奈良縣奈良市，是世界遺產「古都奈良的文化財」的一部分。於奈良時代為守護平城京和祈求國民繁榮而建立。
春日明神
春日大社祭神的總稱。
明惠
承安3年（1173年）出生。現今和歌山縣有田川町的湯淺氏出身。是華嚴宗的中興祖師。隨神護寺的文覺和尚出家。在東大寺學習華嚴經。師事勸修寺的興然習密教。建永元年（1206年），後鳥羽天皇賜予栂尾之地，在此建立高山寺，作為興盛華嚴宗的中心道場。寬喜4年（1232年）逝世。
日本曾經時常出現宗教融合的現象，無數佛教寺院皆與神社互有關聯。同樣，許多神道教神祇亦被解釋為佛教的化身。高山寺的石水院中，也曾奉祀春日大明神和住吉明神。
前述「神佛習合」思想長年盛行，直至明治時代（1868-1912）初期，隨著明治維新期間相關新政的頒布，二者自此分離。
石水院
住吉明神
供奉於住吉大社（大阪市）的神。
