La zone montagneuse de Takao située dans le nord de Kyoto a depuis longtemps été associée à la pratique religieuse. Des temples ont été établis dans la région dès le VIIIe siècle, mais ils sont tombés en désuétude au XIIe siècle. Puis, l'empereur émérite Gotoba a chargé le très influent moine Myōe (1173-1232) de reconstruire un temple qui fut définitivement achevé en 1206. Son nom, Kōsanji, ou "temple de haute montagne", a été inspiré par un passage du Sutra de la Guirlande de fleurs, une écriture importante pour l'école Kegon. Le temple est familièrement appelé "Kōzanji", mais la prononciation officielle est "Kōsanji".

Kōsanji est devenu connu comme temple du savoir car Myōe s'y est consacré à l'étude et à la pratique du bouddhisme. Myōe était également un amateur d'arts religieux et invitait fréquemment d'éminents artistes et intellectuels au temple. La richesse du milieu qu'il cultivait se retrouve dans de nombreux trésors transmis depuis l'époque Heian (794-1185) où l'art et la littérature étaient florissants, jusqu'à l'époque Kamakura (1185-1333), marquée par la diffusion de la nouvelle pensée bouddhiste au Japon. Nombre de peintures, de statues et de documents du temple ont survécu aux incendies dévastateurs du XVIe siècle et sont aujourd'hui encore en excellent état.

Myōe est également connu pour avoir popularisé le thé au Japon. Il cultivait le thé près de Kōsanji, et le temple récolte toujours le thé d'une petite parcelle chaque année. Les producteurs de thé de tout le pays honorent Myōe à ce jour en reconnaissance de son rôle clé dans la tradition du thé au Japon.