高山寺的春日明神神社奉祀春日大明神，该神祇是日本古都奈良春日大社中四神的总称。神道教的神社存于佛教寺院境内，现在看来或许难以置信，不过这也反映出高山寺开山祖师明惠（1173-1232）的宗教观。

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春日明神

春日大社祭神的总称。

明惠将华严宗与真言密宗教义结合，并追随当时原生神祗与佛教神祗一视同仁的思想。他甚为崇敬春日大社，时常前往参拜。据说他对春日大明神敬畏无比，甚至放弃长年以来巡拜印度的梦想，只因春日大明神如此劝告。
过去日本时常出现宗教融合的现象，无数佛教寺院皆与神社互有关联。同样，许多神道教神祇亦被解释为佛教的化身。高山寺的石水院中，也曾奉祀春日大明神和住吉明神。
前述“神佛习合”思想长年盛行，直至明治时代（1868-1912）初期，随着明治维新期间相关新政的颁布，二者从此分离。

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石水院

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住吉明神

供奉于住吉大社（大阪市）的神。