金堂是对寺院主要拜殿的一种称呼，一般会供奉本尊。高山寺的金堂奉祀释迦如来，他是佛教的开山祖师，亦是历史上赫赫有名的佛陀。高山寺的开山祖师明惠（1173-1232）在8岁痛失双亲后，便将释迦如来视作父亲。

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释迦如来

最初的金堂于1219年竣工，此时距高山寺创建已有13年。通过一幅绘有寺院布局的古地图，可见当初的金堂构造精巧，座落于多栋建筑物之间。据说当时金堂收藏许多宝物，其中不乏雕刻名匠运庆（1150-1223）的作品。然而1547年高山寺遭逢火灾，金堂被焚为灰烬，寺内大半建筑亦未能幸免于难。
1634年，京都仁和寺的建筑迁至高山寺原金堂的旧址，并改建为今日所能见到的金堂。